Идейными вдохновителями и первыми разработчиками Counter-Strike стали Minh „Gooseman“ Le и Jess „Cliffe“ Cliffe (Minh Le(англ.), Jess Cliffe(англ.)). В январе 1999 Minh Le заканчивает свою деятельность в разработке модификации Quake 2 — Action Quake2, он хочет создать свою собственную многопользовательскую online-игру. В 1998 году в свет выходит Half-Life, а в свободном доступе появляется SDK-набор для создания модов к нему. Зимой 1999 Minh Le начинает заниматься моделированием и программированием для своей новой (пока что безымянной) игры, Jess Cliffe помогает ему, а также занимается раскруткой проекта. В середине марта того же года было придумано название для игры — Counter-Strike, — появляются первые сайты ей посвященные. Первая бета-версия мода была выпущена 19 июня 1999 года, а осенью того же года появляются первый online-сервера. Будучи бесплатной, Counter-Strike стремительными темпами завоёвывает аудиторию, конкурируя с такими коммерческими проектами, как Quake III и Unreal Tournament.
Весной 2000 года к проекту подключается Valve, обещая материальную и моральную поддержку. Компания выкупила игру, наняв Minh Le и Jess Cliffe в свой штат, а 8 ноября 2000 состоялся релиз игры Counter-Strike 1.0.

На сегодняшний момент известно о нескольких наиболее играемых версиях Counter–Strike:

Counter-Strike 1.6
Counter-Strike 1.6 — это так называемый «классический CS». Используется фанатами старого интерфейса и движка. Наиболее популярная и распространённая версия игры, которая до сих пор используется на разного рода соревнованиях вплоть до мирового масштаба.

Основные отличия от предыдущих версий — новый GUI (интерфейс пользователя), изменения в ценах на некоторые виды оружия, введение двух новых видов оружия — штурмовых винтовок IDF Defender (прототипом послужила израильская штурмовая винтовка IMI Galil) для террористов и Clarion 5.56 (прототип — французский FAMAS) для контртеррористов. Введение этих видов оружия преследовало одну цель — закрытие «пропасти» между командой, проигравшей два раза подряд и командой-победителем. При старой системе проигравшая команда была вынуждена использовать оружие класса SMG (пистолеты-пулемёты), что не давало ей возможности отыгратся. Теперь же команда могла позволить купить новые штурмовые винтовки, что увеличивало их шансы на победу и делало игру более динамичной и интересной. Также в CS1.6 увеличена убойная сила пистолета Glock (который в CS1.6 переименован в 9?19 Sidearm), что уравнивает шансы террористов и контртеррористов в первом раунде. Ещё одно важное нововведение — щит (Tactical Shield) для контртеррористов, защищающий его пользователя от фронтального огня в закрытом положении и позволяющий вести огонь из пистолета, раскрывшись. Это нововедение очень критиковалось фанатами игры, потому что сильно изменяло баланс игры в сторону контртеррористов и провоцировало их на использование позиционных, «кемперских», тактик боя. Из-за столь сильной критики щит был удалён из последующих версий игры и запрещён на официальных чемпионатах. В версии CS1.6 были введены некоторые измения в игровой процесс — игрок, обезвредивший бомбу или установший её (с её последующим взрывом), получает три дополнительных очка.

Любительская, то есть нелицензионная версия Counter-Strike прошла долгий путь из неофициальных обновлений (т. н. «патчей»), разработанных энтузиастами. В основном эти обновления представляют собой оптимизацию сетевого кода и исправление критических ошибок, ведущих к сбою клиента или сервера Counter-Strike, а также незначительные улучшения графики.

Counter-Strike: Condition Zero, Counter-Strike: Condition Zero — Deleted Scenes

Counter-Strike: Condition Zero — представляет собой самостоятельный шутер от первого лица, сочетающий в себе, как одиночный, так и многопользовательский режим игры.

Игра построена на модифицированном движке Half-Life — GoldSource. Не снискала особой популярности в киберспорте, и даже применение CS:CZ на Всемирном чемпионате по компьютерным играм как официальной дисциплины не исправило ситуации.

Counter-Strike: Condition Zero — Deleted Scenes — удалённые в процессе разработки игры эпизоды для одиночной игры, которые позже были доработаны и выпущены в виде отдельной игры, идущей в комплекте с Counter-Strike: Condition Zero. На территории стран СНГ эту игру можно найти в составе коллекционного издания «Антология Сounter Strike» от Буки.

Counter-Strike: Source — «второе дыхание» классического CS. Несмотря на относительную новизну и техническую совершенность, не смог побить рекорды популярности предыдущей версии. Безусловно, она популярна и играбельна, но многие старые игроки отказались от её использования и продолжают играть в CS версии 1.6. После однократного использования в 2005 году в качестве официальной дисциплины Всемирного Чемпионата по Кибериграм (World Cyber Games) в жанре Action/FPS было принято решение вернуться к версии CS1.6.

Одной из основных причин такого решения были многочисленные нарекания игроков в сторону потерянной атмосферы игры, многие согласились, что это был уже не тот Counter-Strike, который разработчики выпускали до версии CS1.6 включительно. Потери были во многом: резко изменённый баланс игрового оружия, во многих аспектах игры (прострелы, система повреждений) был внесён чрезмерный реализм, который фактически и убивал ту динамику CS, на которой и держалась его атмосфера Counter-Strike 1.6 по сравнению с CS:Source.

Counter–Strike Online — претендующая на самостоятельность версия популярной игры, результат реализации совместного проекта студий Valve и Nexon, позиционируется разработчиками как попытка вдохнуть новую жизнь в наиболее успешную на рынке компьютерных игр Counter Strike 1.6. Бета-тестирование и полигонные испытания новой версии CS Online определены пока только для азиатского рынка. К новшествам Counter–Strike Online можно отнести максимально отточенный онлайновый геймплей, дополнительные возможности командной игры, новые функциональные игровые карты, принципипально непохожие на карты из предыдущих версий игры, новые тактические приёмы и возможности ведения боя: поражение сразу двух противников при ведении прицельного огня по одному из них, улучшенная поведенческая физика тел при попадании снарядов (knockback), возможность в игре переключаться между несколькими картами путём телепорта. И, наконец, киберспортсменов ждут релизы новых видов оружия - от пистолетов-пулемётов до тяжёлых единиц автоматического оружия, предоставляя тем самым возможность оценить соблюден ли баланс вооружения между противоборствующими сторонами. На данный момент для скачивания доступна Beta версия Counter-Strike Online

Counter-Strike Professional Modification (CS ProMod, CSPro или CSP) — модифицированная версия игры, сочитающая отдельные элементы Counter-Strike 1.6 и Counter-Strike: Source. Целью создателей (Al "Drax" Mendoza и др.) ProMod было улучшение игрового процесса, трансляции игр в Интернет, представление наиболее сбалансированной, увлекательной, приемлемой графически версии — издания для профессиональных игроков и чемпионатов. [26] В CS ProMod авторы попытались совместить особенности физики CS 1.6 и графики CS:Source. На данный момент вышла третья beta-версия CSPromod (CPM beta 1.03).